L’Ordine Ospedaliero di Santo Spirito entrato in possesso del complesso nel 1482, eseguì diverse opere di ristrutturazione ed edificazione, tra cui il Battistero, ossia una piccola chiesa dedicata a Santa Severa e a Santa Lucia, agli inizi del Cinquecento.

Oltre alla fonte battesimale, realizzata con una parte di macina di epoca romana, al suo interno sono conservati gli affreschi della seconda metà del XV secolo della scuola del pittore Antoniazzo Romano. Fra questi, al centro dell’abside, vi è la Madonna in trono col Bambino, con San Sebastiano trafitto dai dardi, sulla sinistra, e Santa Severa, che introduce alla Vergine Gabriele De’ Salis, precettore del Santo Spirito e possibile committente degli affreschi. Alla destra troviamo Santa Lucia e San Rocco.

Sotto l’arco tre medaglioni rappresentano le teste di Abramo, David e Daniele, mentre sulla parete di fondo, sopra l’abside, una scena raffigura l’Annunciazione. L’ovale centrale, in cui è dipinta l’immagine del Cristo, è visibile solo in parte a causa della sovrapposizione del soffitto moderno. In basso a sinistra è ritratto, in piedi, Sant’Antonio Abate, mentre la sezione in basso a destra è scomparsa.

Sulla parete di sinistra è dipinta una scena che rappresenta con ogni probabilità una pesca miracolosa, con l’apparizione di due Santi Vescovi ai membri dell’equipaggio di una nave che porta l’emblema della Confraternita del Santo Spirito sul vessillo bianco fissato sull’albero maestro. Si può anche scorgere un marinaio arrampicato sull’albero e, sotto la poppa della nave, una piccola imbarcazione ospita due uomini, uno dei quali trattiene la fune calata dalla nave. Davanti alla prua è raffigurato San Lorenzo, con la classica graticola nella mano sinistra e la regula nella destra.

La parete di destra è la più degradata del piccolo edificio ed è appena visibile parte di una Crocifissione con la Maddalena inginocchiata e la Madonna in piedi a mani giunte (degne di nota, le linee di preparazione del disegno, incise sull’intonaco di fondo). Sullo zoccolo decorato a drappeggi vi sono dei graffiti votivi raffiguranti navi del XV e XVI secolo, probabilmente opera dei marinai che transitarono in diverse epoche per il porto di Santa Severa e che costituiscono un piccolo archivio di iconografia navale.